Опции обфускатора условно делятся на общие и индивидуальные.
Действие общих опций распространяются на все защищаемые .NET-сборки из одного проекта. К общим опциям относятся /SO, /OP, /INIT, /SE и некоторые другие.
Но есть ряд опций, которые могут быть индивидуальными для каждой защищаемой сборки проекта. К ним относятся опции установки типа ключа, опции привязки к параметрам ключа и сетевые опции защиты. Более подробно см. консольную справку.